Ministria e Mbrojtjes kryen punët që kanë të bëjnë me:

• realizimin e sistemit të mbrojtjes dhe pavarësinë si dhe integritetin territorial të Republikës së Maqedonisë;
• planifikimin, organizimin, pajisjen dhe përgatitjen e Armatës së Republikës së Maqedonisë dhe realizimin e planeve të përcaktuara;
• organizimin dhe përgatitjen për mbrojtjen ushtarake dhe mbrojtjen civile;
• organizimin dhe realizimin e trajnimit për mbrojtje;
• organizimin dhe përgatitjen e mbikëqyrjes dhe  raportimin, lidhje për kryesim dhe mbrojtje kripto;
• mbikëqyrjen e kompetencave të saja dhe
• kryen edhe punë të tjera të përcaktuara me ligj.