Ministria për Çështje Evropiane kryen punët që kanë të bëjnë me:

• sigurimin e koordinimit dhe harmonizimit të punës së organeve të administratës shtetërore dhe organeve dhe institucioneve tjera për përgatitjen e Republikës për anëtarësim në Bashkimin Evropian, përfshirë negociatat për anëtarësim në Bashkimin Evropian;
• sigurimin e koordinimit të aktiviteteve për zbatimin e Marrëveshjes për stabilizim dhe asociim me Bashkimin Evropian dhe vendet anëtare dhe marrëveshjeve të tjera të lidhura ndërmjet Republikës dhe Bashkimit Evropian, si dhe trupave të punës të formuara në kuadër të marrëveshjes së lidhur dhe marrëveshjet e tjera me Bashkimin Evropian;
• sigurimin e koordinimit të procesit të përgatitjes së versionit maqedonas të ligjit të Bashkimit Evropian (acquis communautaire);
• sigurimin e koordinimit me qëllim të harmonizimit të punës së përfaqësuesve të Republikës në institucionet dhe organet e Bashkimit Evropian;
• sigurimin e koordinimit me qëllim të harmonizimit të punës së Republikës si shtet anëtar i Bashkimit Evropian;
• sigurimin e koordinimit të ndihmës së huaj nga Bashkimi Evropian dhe shtetet anëtarë të tij dhe ndihma të tjera të huaja që kanë të bëjnë me reformat plotësuese të procesit të integrimit të Republikës në Bashkimin Evropian;
• informimin e publikut për aktivitetet që lidhen me procesin e integrimit evropian dhe çështjet evropiane;
• si dhe çështje të tjera që lidhen me Bashkimin Evropian që do të përcaktohen nga Qeveria
• kryen punë të tjera të përcaktuara me ligj.