Ministria e Mbrojtjes kryen punët që kanë të bëjnë me:

• realizimin e sistemit të mbrojtjes dhe pavarësinë si dhe integritetin territorial të Republikës së Maqedonisë;
• planifikimin, organizimin, pajisjen dhe përgatitjen e Armatës së Republikës së Maqedonisë dhe realizimin e planeve të përcaktuara;
• organizimin dhe përgatitjen për mbrojtjen ushtarake dhe mbrojtjen civile;
• organizimin dhe realizimin e trajnimit për mbrojtje;
• organizimin dhe përgatitjen e mbikëqyrjes dhe  raportimin, lidhje për kryesim dhe mbrojtje kripto;
• mbikëqyrjen e kompetencave të saja dhe
• kryen edhe punë të tjera të përcaktuara me ligj.

Në bazë të Ligjit për mbrojtje, neni 20, Ministria e Mbrojtjes përgatit strategjinë e mbrojtjes, bën vlerësimin e rreziqeve të mundshme ushtarake dhe rreziqe të tjera që kërcënojnë sovranitetin, pavarësinë dhe integritetin territorial të Republikës, e organizon dhe përgatit sistemin e mbrojtjes dhe propozon masa për zhvillimin e tij dhe përmirësim.